A estrutura organizacional do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Sergipe buscou adequar-se aos dispositivos regulamentados pelo Ministério da Educação. O instituto implementou uma estrutura organizacional de gestão escolar em conformidade com seu Estatuto, regulamentando competências e atribuições no Regimento Geral do IFS e no de seus Campi. O IFS possui a seguinte estrutura:
