Colégio de Dirigentes: Órgão de caráter consultivo e é composto pelo Reitor, pelos Pró-Reitores e pelo Diretor-Geral de cada um dos campi que integram o Instituto Federal;

Conselho Superior: De caráter consultivo e deliberativo, é composto por representantes dos docentes, dos estudantes, dos servidores técnico-administrativos, dos egressos da instituição, da sociedade civil, do Ministério da Educação e do Colégio de Dirigentes do Instituto Federal, assegurando-se a representação paritária dos segmentos que compõem a comunidade acadêmica;

Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão: Órgão normativo e consultivo, de assessoramento da Reitoria no que tange às políticas de ensino, pesquisa e extensão e tem sua composição, competências e funcionamento definidos e regulados neste Regimento Geral e em Regimento próprio;

Auditoria Interna: Tem como finalidades básicas fortalecer a gestão, racionalizar as ações de controle e prestar apoio aos órgãos do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal, bem como desenvolver ações preventivas para a garantia da legalidade, da moralidade e da probidade dos atos da administração do Instituto, tendo como principais objetivos para atingir sua missão e finalidades;

Comissão de Ética: Possui diversas competências, entre elas a de zelar pelo Código de Ética Profissional do Servidor Público Federal e atuar como instância consultiva de dirigentes e servidores no âmbito do IFS;